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Plateforme de génotypage du CIRDES

La plateforme de génotypage GenBobo-International est l’un des plateaux techniques du CIRDES qui participe à des activités tant sur le plan interne qu’externe au CIRDES.

Son domaine d’activité est le génotypage des animaux domestiques, des vecteurs de pathogènes des maladies à transmission vectorielle à l’aide de marqueurs microsatellites.

Les objectifs de cette plateforme sont de :

  • Doter la communauté scientifique régionale d’un plateau technique performant avec des outils techniques d’analyses moléculaires et génétiques pour répondre à une grande diversité des d'analyses différentes (préparation des échantillons biologiques, génotypage, diagnostic moléculaire,...) ;
  • Assurer une formation initiale et continue aux utilisateurs : les ressources humaines et matérielles disponibles sur la plate-forme sont mises à profit pour la formation d’étudiants (stagiaires, doctorants…), d’ingénieurs et techniciens et pour des programmes d’animation et de formation scientifiques et techniques (séminaires, ateliers, sessions d’études…).

Les activités réalisées sur la plate-forme sont :

Réception des échantillons : matériel biologique (sang total, buffy coat, peau, nageoires, pattes de glossines ou glossines entières, ADN, etc.)

Extraction d’ADN à l’aide de différents kits sur différents tissus (chelex et kits commerciaux)

Amplification de marqueurs microsatellites par PCR Li-Cor avec deux fluorochromes absorbant à 700 et 800nm (IRDye 700 ou 800)

Migration de fragments d’ADN sur le séquenceur Li-Cor® qui utilise deux lasers et détecteurs distincts

Analyses des profils de migration avec le logiciel SAGAGT

 

L’ensemble de toutes ces activités sont menées grâce à un personnel dynamique et qualifié. Ce personnel participe également à l’encadrement des professionnels et Etudiants (formations diplômantes) dans le cadre de projets spécifiques et aux animations scientifiques.

Le système qualité

Le laboratoire de génotypage du CIRDES est accrédité selon la norme ISO/CEI 17025 : 2005 depuis janvier 2013 par le Conseil tunisien d’accréditation (TUNAC) pour le génotypage des glossines Glossina palpalis gambienisis. Un processus d’extension de cette portée d’accréditation à d’autres organismes vivants est actuellement en cours dans le laboratoire.

Laboratoire de production des glossines (Insectarium) du CIRDES

L’insectarium (laboratoire de production des glossines) du CIRDES contient plus de 300 000 individus avec 3 espèces (Glossina palpalis gambiensis , Glossina tachinoides et G. morsitans submorsitans). Il est l’un des plus importants élevages de masse automatisé au monde e bénéficie d’un appui de l’AIEA (Illustration 1).

 

Irradiateur au Cs 137 pour la lutte par la technique SIT (« Sterile insect technique » ou TIS « technique de l’insecte stérile »). Un nouvel irradiateur à rayon X acquis grâce à l’appui de l’AIEA.

Animalerie à rongeurs et reptiles (crocodiles, varans, pythons, utilisés notamment pour les expériences sur l’attraction des tsé-tsé)

Etables sous moustiquaire pour les infections ou gorgement d’insectes (glossines, moustiques) ou acariens sur bovins

Salle de formation pour les études sur les vecteurs : dissection assistée par caméra, morphométrie géométrique.